近日，生物中心楊效曾研究員團隊在生物信息學(xué)領域權威期刊Briefings in Bioinformatics（中科院分區1區，影響因子(zǐ)8.99，doi:10.1093/bib/bbab075）上發表了題為(wèi)“MicroRNA annotation in plants: current status and challenges”的(de)綜述文章(zhāng)。miRNA是一(yī)類廣泛參與植物生長(cháng)發育與環境應激等幾乎所有生命活動的(de)非編碼小RNA，其研究對作物改良也具有重要意義。對miRNA的(de)精準鑒定和(hé)注釋是發現新miRNA或新功能的(de)第一(yī)步。文章(zhāng)系統綜述了植物miRNA鑒定和(hé)注釋研究領域的(de)前沿進展，展望了發展趨勢及面臨的(de)挑戰。首先，文章(zhāng)指出了該領域面臨的(de)主要問題是，由于植物miRNA前體序列長(cháng)度變異大、家族成員多等特征加大了準确注釋二級結構和(hé)家族成員的(de)難度和(hé)複雜性。其次，該文章(zhāng)詳解了研究團隊自(zì)己最新開發的(de)、目前國際上具有比較優勢的(de)miRNA預測軟件—miRDeep-P2。接着，文章(zhāng)提出了現行miRNA注釋信息的(de)标準，包括含前體序列、成熟序列、二級結構等在內(nèi)的(de)基本信息，以及預測和(hé)實驗相結合的(de)靶基因數據的(de)獲得，還有在omics時代能夠獲得的(de)表達信息、共線性等結果。最後，建設性地(dì)提出了構建一(yī)站式植物miRNA注釋平台構想，立足大數據時代，在前期植物miRNA豐富注釋信息收集和(hé)研究的(de)基礎上，引入機器學(xué)習和(hé)人工智能（AI）方法，綜合分析高(gāo)置信度的(de)數據集，構建一(yī)套更加精準、靈敏的(de)植物miRNA注釋标準，開發不僅可(kě)以預測和(hé)注釋miRNA，還可(kě)以分析miRNA功能、表達、保守性等更精準的(de)miRNA注釋工具，繼而形成一(yī)個高(gāo)質量的(de)植物miRNA數據庫。該數據庫又反過來為(wèi)該平台提供詳實、準确數據集，形成一(yī)個具有不斷自(zì)我學(xué)習能力的(de)植物miRNA綜合研究平台。

生物中心趙永欣助理(lǐ)研究員、博士生匡正為(wèi)本文共同第一(yī)作者。該項目得到了北京市農林科學(xué)院基因組育種協同創新中心，創新能力建設項目-基于組學(xué)的(de)基因編輯技術創新平台構建-和(hé)院青年(nián)基金等項目的(de)資助。楊效曾團隊（http://srnaworld.com/）多年(nián)來關注植物miRNA研究，其成果先後發表在Nucleic Acids Research, Bioinformatics, Genomics Proteomics & Bioinformatics等國際知名期刊上。