近日，生物所在生命學(xué)科領域頂級期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research， 影響因子(zǐ)16.971）上發表了題為(wèi)“PmiREN2.0: from data collection to functional exploration of plant miRNAs”的(de)文章(zhāng)。PmiREN2.0的(de)升級實現了由數據整理(lǐ)、分類向更深層次的(de)數據挖掘和(hé)功能研究的(de)轉變。不僅覆蓋了更全面的(de)數據，而且構建了基因調控網絡和(hé)增加了分子(zǐ)生物學(xué)研究工具，為(wèi)植物miRNA功能研究助力。

PmiREN為(wèi)生物所楊效曾研究員團隊開發的(de)植物miRNA研究的(de)綜合數據庫—植物miRNA數據庫（簡稱PmiREN，網址：www.PmiREN.com），自(zì)2019年(nián)上線以來，受到了植物miRNA研究領域科學(xué)家的(de)極大關注，累計收到了來自(zì)全球108個國家和(hé)地(dì)區超過16萬次的(de)訪問和(hé)超過40次的(de)學(xué)術引用。過去(qù)兩年(nián)近200種植物基因組被測序及大量sRNA數據産生，植物miRNA研究領域科學(xué)家迫切需要對這些物種miRNA信息進行新整合、分析，并期望能夠提供更多方法用于數據分析和(hé)實驗設計。加之植物miRNA研究熱度的(de)持續升溫，這些因素驅動了我們對PmiREN的(de)更新和(hé)升級，以适應當前的(de)科研趨勢，推動和(hé)提升植物miRNA研究。

PmiREN2.0進行了以下五個方面的(de)升級。（1）進行了擴容。PmiREN2.0增加了91個物種的(de)19363個miRNA信息，包含miRNA、靶基因、表達量、共線性、保守性等信息，使數據量增加了一(yī)倍。（2）加入了豐富的(de)以miRNA為(wèi)中心的(de)調控網絡。該調控網絡包括miRNA、預測的(de)上遊轉錄因子(zǐ)和(hé)詳細注釋的(de)下遊靶基因。（3）構建了miRNA家族的(de)系統發育樹。這有助于推斷不同植物miRNA功能的(de)調控關系，以擴大對植物譜系中miRNA進化的(de)理(lǐ)解。（4）提供了更多分析工具。其中8個工具用于miRNA相關信息挖掘，包括Motifs by PlantRegMap、Motifs by PlantCare、miRNA Polymorphism、miRNA Phylogenetic Tree、Function of miRNA Targets、KEGG Annotation of miRNA Targets、Regulator Network、Literature；3個工具用于相關miRNA實驗設計，包括OE-miRNA、AmiRNA (Artificial miRNA)、STTM (Short Tandem Target Mimic)。（5）增加了一(yī)個名為(wèi)PmiREN社區的(de)論壇。植物miRNA論壇(https://pmiren.com/community)為(wèi)大家提供了一(yī)個科研交流的(de)平台，用于科學(xué)問題讨論和(hé)資源、新發現分享。